SeCore SBT

SeCore SBT

Características Principais

  • Os kits de tipagem HLA SeCore aliam a acurácia do sequenciamento bidirecional ao poder e flexibilidade do aperfeiçoado software de análise para garantir resultados em alta resolução.
  • Sequenciamento bidirecional de alelos HLA de Classe I e Classe II.
  • Perfil de ciclagem idêntico para todos os loci, reduz erros de manuseio de amostra e aumenta a eficiência.
  • Menor tempo de amplificação e sequenciamento (90 minutos cada), significa que todo o processo de sequenciamento pode ser completado em um dia.
  • Melhorias no Software uTYPE™ HLA para análise, interpretação e relatório de resultados mais eficientes, incluindo a opção de mostrar os grupos1 P e G na tela de análise e nos relatórios.
  • Identificação de alelos HLA de todos os loci e picos de análise balanceados para a identificação de heterozigotos.
  • Amplo conjunto de GSSPs (Group Specific Sequencing Primers) para resolução de ambiguidades.

1Função disponível apenas no uTYPE RUO e CE-IVD.

Visão Geral

O SeCore SBT utiliza o método de sequenciamento de Sanger para identificar alelos HLA de Classe I e Classe II (A, B, C, DRB1, DRB3,4,5, DQB1 e DPB1) a partir do DNA genômico. Os kits de sequenciamento de alta resolução são locus específicos e fornecem reagentes para amplificação, purificação e sequenciamento dos alelos HLA. Fragmentos desnaturados resultantes do sequenciamento são processados por eletroforese capilar em um analisador genético. Os arquivos gerados pelo analisador genético são importados no Software uTYPE HLA Sequence Analysis Software, que compara os dados gerados com a base de dados IMGT/HLA para determinar a tipagem molecular.

Princípio SeCore SBT

Os kits de tipagem SeCore HLA oferecem sequenciamento bidirecional de alelos HLA de Classe I e Classe II.

secore

  1. A reação de amplificação locus específica é completada em 90 minutos, utilizando a mistura contendo o mix de amplificação, Polimerase FastStart™ Taq DNA e amostra de DNA genômico. A cobertura dos exons está detalhada na Tabela 1 abaixo.
  2. O produto amplificado é purificado com ExoSAP-IT® para eliminar primers e dNTPs não incorporados.
  3. O sequenciamento em ciclos é finalizado em 90 minutos utilizando o kit de Sequenciamento BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit.
  4. Os fragmentos de sequenciamento são purificados com precipitação em etanol e desnaturados utilizando Hi-Di™.
  5. O produto desnaturado é detectado por eletroforese capilar em um analisador genético.
  6. Os resultados são gerados no analisador genético na forma de arquivos ab1: o software de sequenciamento uTYPE HLA é utilizado para comparar os dados com a base de dados IMGT/HLA para determinar a tipagem molecular.

SeCore GSSP (RUO)

Os kits SeCore Primers de Sequenciamento Grupo Específico (Group Specific Sequencing Primer – GSSP) têm como alvo um haplótipo, permitindo ao usuário resolver ambiguidades de fase cis/trans em pares de alelos ambíguos.
Pares de alelos com ambiguidade cis/trans surgem da tipagem padrão Sanger por sequenciamento de bases. O GSSP se liga a apenas um dos dois alelos presentes na amostra de DNA permitindo a determinação da tipagem HLA final.

SeCore express SBT

Os kits Express são destinados para os laboratórios de HLA realizando ensaios com no mínimo 96 amostras por locus. Os kits estão disponíveis para os locus HLA A2, B2, C2, DRB13 e DQB1.

2 Somente primers de sequenciamento e amplificação do Exon 2 + 3 estão disponíveis para os kits Express A, B, C.
3 Somente primers de sequenciamento e amplificação do Exon 2 estão disponíveis para os kits Express DRB1.
Obs.: kits express são kits designados para corrida de no mínimo 96 amostras.

DOWNLOADS

ORÇAMENTO

SeCore SBT Cobertura dos Exons

Locus Cobertura dos Exons Amplificações
A Sequenciamento Bidirecional dos Exons 1, 2, 3, 4, 5 1
B Sequenciamento Bidirecional dos Exons 1*, 2, 3, 4, 5 1
C Sequenciamento Bidirecional dos Exons 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 1**
DRB1 Sequenciamento Bidirecional dos Exons 2, 3; e Codon 86 2
DRB1, DRB3,4,5 Kit Grupo Específico Sequenciamento Bidirecional do Exon 2 e Codon 86 1
DQB1 Sequenciamento Bidirecional dos Exons 2, 3 2
DPB1 Sequenciamento Bidirecional dos Exons 2, 3, 4 e Codons 8 e 85 2

 *SeCore B Locus contém primer unidirecional de sequenciamento para Exon 1 Forward (1F) apenas.
**Pode necessitar uma segunda reação de amplificação se todos os 14 primers bidirecionais de sequenciamento são utilizados.

Informações do Produto SeCore SBT (Para uso em diagnóstico in vitro. Registro ANVISA: 80298490138)

Descrição 25 Testes 500 testes
SeCore Locus A 5300025 22000D
SeCore Locus B 5311025D 22110D
SeCore Locus C 5320025 22200D
SeCore Locus DRB1 (Exon 2 &3) A15571 A15573
DRB1, DRB3,4,5 Kit Grupo Específico 5331025 A22300D
SeCore Locus DQB1 5341025D 22410D
SeCore Locus DPB1 5351025 22510D

Informações do Produto SeCore Express SBT (Para uso em diagnóstico in vitro. Registro ANVISA: 80298490138)

Descrição 1536 Testes
SeCore Locus A, sistema de amplificação única2 A11310
SeCore Locus B, sistema de amplificação única2 A11311
SeCore Locus C, sistema de amplificação única2 A11312
SeCore Locus DRB1, sistema de amplificação única3 A11313
SeCore Locus DQB1, sistema de amplificação única 53A11528

2 Somente primers de sequenciamento e amplificação do Exon 2 + 3 estão disponíveis para os kits Express A, B, C.
3 Somente primers de sequenciamento e amplificação do Exon 2 estão disponíveis para os kits Express DRB1.
Obs.: kits express são kits designados para corrida de no mínimo 96 amostras.

Tempo4 no fluxo de trabalho SeCore

Passo Tempo na Bancada (Usuário) Tempo no Equipamento Tempo Total
Amplificação do DNA 15 minutos 90 minutos 105 minutos
Purificação com ExoSAP-IT PCR 5 minutos 40 minutos 45 minutos
Reação de Sequenciamento 20 minutos 60 minutos 80 minutos
Purificação do Sequenciamento 10 minutos 40 minutos 50 minutos
Eletroforese Capilar 10 minutos 10 minutos + ◊
Tempo Total 60 minutos 230 minutos + ◊ 290 minutos + ◊
(~4 horas e 50 minutos)

4Fluxo de trabalho padrão estimado baseado no tempo necessário para processor 96 amostras
◊ Um tempo adicional de 50 a 450 minutos deve ser adicionado para a Eletroforese Capilar “Tempo no equipamento” dependendo do modelo do Analisador ABI utilizado. Consultar Tabela 6 abaixo.

Tempo5 no equipamento para eletroforese capilar por instrumento

Descrição 3130XL 3500XL DX (24 Capilares) 3730 (96 Capilares)
Tempo para injeção ~50 minutos ~60 minutos ~50 minutos
Número de injeções para 96 reações 6 injeções 4 injeções 1 injeção
Tempo Total• 300 minutos (5 horas) 240 minutos (4 horas) 50 minutos

5Eletroforese Capilar baseada no polímero POP-6™.

Preencha os campos e receba as novidades da Biometrix em seu e-mail!