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A gastroenterite é uma inflamação do trato digestivo que atinge principalmente estômago e intestino. Os sintomas incluem náuseas e vômitos, diarreia aquosa, dor abdominal e cólicas. Muitas vezes são acompanhados de inchaço, febre baixa, calafrios, dor de cabeça e cansaço ou fraqueza geral.
As causas mais comuns das gastroenterites são os vírus, bactérias e parasitas. As virais são as mais frequentes, sendo a maior causa de diarreia e a segunda maior causa de doença infecciosa.
Segundo a Organização Mundial da Saúde (OMS), a cada ano são registrados no mundo 2 bilhões de casos de doença diarreica e 1,9 milhões de crianças com menos de 5 anos de idade morrem em sua decorrência, fundamentalmente nos países em desenvolvimento. Embora nos países desenvolvidos a morte por doença diarreica seja relativamente baixa, a patologia segue como uma importante causa de morbidade, com grandes gastos para a saúde.
A exposição ocorre frequentemente através da via oral-fecal, com transmissão direta por questões de higiene, toque nas superfícies e objetos contaminados, e também com transmissão indireta através do consumo de água e alimentos contaminados. A falta de saneamento e acesso à água potável também está relacionada ao alto índice de ocorrência nos países em desenvolvimento.
A gravidade da gastroenterite infecciosa varia conforme o agente, sendo mais agressiva em pessoas com o sistema imunológico imaturo ou enfraquecido. Assim crianças de 0 a 5 anos, idosos e imunocomprometidos são o grupo mais vulnerável à infecção. Estima-se que a incidência de diarreia em crianças até 12 meses seja de 3 episódios por ano, já de 1 a 5 anos essa média fica em torno de 2 episódios a cada ano. No Brasil, a região Nordeste possui o risco de morte de 4 a 5 vezes maior para crianças de até 5 anos, se comparado a região Sul, representando 30% das mortes no primeiro ano de vida.
Um dos maiores perigos apresentados pela gastroenterite é a desidratação. A perda de fluidos através de diarreia e vômitos pode prejudicar o equilíbrio eletrolítico do corpo (sódio, potássio, cloreto e magnésio, conhecidos como sais minerais), levando a problemas potencialmente fatais, como anormalidades cardíacas. O risco de desidratação aumenta à medida que os sintomas se tornam prolongados. Se não tratada, a desidratação severa pode ser fatal, ocasionando também desnutrição crônica com retardo no desenvolvimento de crianças.
Diversos patógenos podem causar gastroenterites e há uma grande dificuldade de realizar a diferenciação entre eles. A infecção viral é a mais comum e altamente contagiosa, seus principais agentes são Rotavírus, Norovírus, Astrovírus, Adenovírus e Sapovírus. Já a gastroenterite bacteriana é frequentemente associada à contaminação de água e alimentos e podem ser ligadas às bactérias Salmonella, E.coli, Campylobacter, Clostridium, Shigella e Yersinia enterocolítica.
É essencial diferenciar o patógeno para saber quais as medidas apropriadas e tratamentos mais eficiente para cada agente. Entretanto, hoje, em aproximadamente metade dos casos de gastroenterites, os patógenos não são identificados. A vigilância epidemiológica é fundamental tanto para avaliar o impacto da doença e monitorar os genótipos circulantes, quanto para estabelecer um tratamento adequado e o desenvolvimento de medidas preventivas efetivas, incluindo vacinas.
Além disso, um diagnóstico preciso proporciona ao médico informações relevantes para evitar o uso desnecessário de antibiótico, que deve ser empregado apenas nos casos de infecção bacteriana. O uso rotineiro de antibióticos pode provocar aumento de resistência. Mesmo nos casos em que é confirmada a gastroenterite bacteriana, a seleção do medicamento deve estar de acordo como agente causador, informação que geralmente não está disponível.
A maioria das técnicas de diagnóstico para gastroenterites são tradicionais, baseadas em cultura realizada em laboratórios de microbiologia. Porém, essas técnicas são muito demoradas se comparadas com as técnicas moleculares, ocasionando a demora na liberação dos resultados.
A detecção molecular desses agentes patogênicos tem sido realizada através da metodologia de PCR em tempo real com a tecnologia multiplex, pois permite que vários agentes sejam identificados em um único exame. Além de gerar resultados em um tempo menor, possui uma sensibilidade e especificidade altas.