Produtos Blog
NGS

Pontos decisivos na escolha do melhor produto para a Tipagem HLA por Sequenciamento de Nova Geração – NGS

Nós da Biometrix Diagnóstica, como pioneira em HLA no Brasil, procuramos sempre oferecer as melhores soluções aos nossos clientes. Nos últimos anos, houve um rápido avanço no desenvolvimento de tecnologias de sequenciamento, e a metodologia NGS, sem dúvida, vem demonstrando grandes diferenciais na aplicação para tipagem HLA.

Porém, como tudo que é novo (a entrada do NGS para tipagem HLA deu-se apenas em 2013), é normal o questionamento comparativo entre as características de produtos existentes no mercado.

Laboratórios buscam conhecer diferentes produtos comerciais para a escolha daqueles que apresentam melhores particularidades e um custo benefício adequado. É nosso papel sugerir alguns pontos que acreditamos ser importantes na análise de custo e que podem afetar diretamente na escolha. Comparamos a One Lambda – OL com as principais marcas do mercado, neste comparativo citaremos como: Demais.

Outros pontos como qualidade de resultado obtido, software de análise, suporte ao cliente e treinamento, entre outras características tão importantes quanto as listadas abaixo, não foram colocadas nesta primeira fase de análise.  Na tabela abaixo colocamos os pontos que podem impactar diretamente no custo do teste.

Amplificação

One Lambda  Demais
Multiplex 11, 9 e 8 locos
2,5 horas
Singleplex
8 – 11 horas

Entendemos que neste momento, a primeira solicitação é para os  Locos A, B e DRB1, mas precisamos colocar na ponta do lápis o valor para cada loco realizado individualmente. Também, temos que ter em mente a qualidade de informação que queremos fornecer. Sabemos que em outros países já é rotina a realização de uma tipagem completa para cadastro e certamente o Brasil já se preocupa com o avanço tecnológico, acompanhado de informação de qualidade e que traga benefícios para os pacientes.

Quantidade de amostra de DNA em kits de NGS

One Lambda  Demais
50 ng de DNA 400 ng – 1500 ng de DNA

Na sua maioria, os laboratórios de HLA trabalham com extração de DNA utilizando kits comerciais que normalmente nos fornecem uma quantidade limitada de amostra de DNA. Este é um ponto que também deve ser levado em consideração no cálculo final do teste. Com os demais kits de NGS, muitas vezes será necessário mais de uma extração de DNA para obter uma quantidade suficiente de amostra para a realização do teste.

Número de reações por amostra em kits de NGS

One Lambda  Demais
1 reação – 11, 9 ou 8 locos 8 – 11 reações por amostra

Veremos adiante que a avaliação do custo dos plásticos utilizados no teste podem impactar fortemente o valor final do teste.

Pooling Pós-Amplificação

One Lambda  Demais
Não requer Requer pooling pós-amplificação

Isto afeta a quantidade de pipetagens neste passo, fazendo com que para o Kit AllType™ não seja necessário um processo de automação. Obviamente que pode ser introduzido na rotina um pipetador mas não é um ponto de extrema importância, o que reduz os custos iniciais de implantação. Em uma fase inicial ou em uma demonstração de produto, é importante avaliar o processo para 8, 24, 48 e 96 amostras. A realidade para 8 ou 48 amostras pode afetar significativamente o workflow do seu laboratório.

Utilização de consumíveis

One Lambda  Demais
Baixa quantidade Alta quantidade

Estudo interno realizado com 1250 amostras/ano mostra uma redução em 10X o número de plásticos utilizados quando comparado com os demais. Isto significa uma redução de > USD 10.000,00 por ano para 1250 amostras.

Diminuição na probabilidade de erros e redução do tempo

One Lambda  Demais
Baixo número de pipetagens, baixa probabilidade de erro Alto número de pipetagens: 10X mais probabilidade de erro
Até o passo do preparo da biblioteca (incluso PCR): 8 horas Variação de 12 até 17 horas

Para os demais kits de tipagem HLA por NGS disponíveis no mercado é imprescindível a implantação de sistema automatizado para facilitar a rotina. Caso contrário, pode haver um aumento significativo nos erros por pipetagem.

Número de programas de PCR

One Lambda  Demais
1 programa para 11, 9 ou 8 locos 1-2 programas

Ponto que pode influenciar nos laboratórios que possuem um limitado número termocicladores validados para esta metodologia.

Equipamentos NGS validados

One Lambda  Demais
Ion S5 + Ion Chef (Thermo Fisher) MiSeq (Illumina) Maioria usa apenas equipamentos da Illumina

Isto permite a liberdade de escolha de qual equipamento o laboratório deseja utilizar.

Software de Análise

One Lambda  Demais
TypeStream Visual Intuitivo e integrado ao HLA Fusion Softwares variados e que permitem muita edição
Sem integração ao HLA Fusion

O software TypeStream Visual é ideal para a rotina clínica e diagnóstico pelo fato de ser um software intuitivo e mais fechado à manipulação por parte do usuário. A integração ao software HLA Fusion facilita também a compilação e armazenamentos de informações de pacientes em um único local.

Para esclarecimentos e dúvidas estamos a sua disposição através de uma reunião online ou uma visita.