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SeCore™ SBT

One Lambda - SeCore SBT

Tipagem por Sequenciamento de Bases

O SeCore SBT utiliza o método de sequenciamento de Sanger para identificar alelos HLA de Classe I e Classe II (A, B, C, DRB1, DRB3,4,5, DQB1 e DPB1) a partir do DNA genômico. Os kits de sequenciamento de alta resolução são locus específicos e fornecem reagentes para amplificação, purificação e sequenciamento dos alelos HLA. Fragmentos desnaturados resultantes do sequenciamento são processados por eletroforese capilar em um analisador genético. Os arquivos gerados pelo analisador genético são importados no Software uTYPE HLA Sequence Analysis Software, que compara os dados gerados com a base de dados IMGT/HLA para determinar a tipagem molecular.

Características Principais

Os kits de tipagem HLA SeCore aliam a acurácia do sequenciamento bidirecional ao poder e flexibilidade do aperfeiçoado software de análise para garantir resultados em alta resolução.

  • Sequenciamento bidirecional de alelos HLA de Classe I e Classe II.
  • Perfil de ciclagem idêntico para todos os loci, reduz erros de manuseio de amostra e aumenta a eficiência.
  • Menor tempo de amplificação e sequenciamento (90 minutos cada), significa que todo o processo de sequenciamento pode ser completado em um dia.
  • Melhorias no Software uTYPE™ HLA para análise, interpretação e relatório de resultados mais eficientes, incluindo a opção de mostrar os grupos¹ P e G na tela de análise e nos relatórios.
  • Identificação de alelos HLA de todos os loci e picos de análise balanceados para a identificação de heterozigotos.
  • Amplo conjunto de GSSPs (Group Specific Sequencing Primers) para resolução de ambiguidades.

1Função disponível apenas no uTYPE RUO e CE-IVD.

Princípio SeCore SBT

Os kits de tipagem SeCore HLA oferecem sequenciamento bidirecional de alelos HLA de Classe I e Classe II.

  1. A reação de amplificação locus específica é completada em 90 minutos, utilizando a mistura contendo o mix de amplificação, Polimerase FastStart™ Taq DNA e amostra de DNA genômico. A cobertura dos exons está detalhada na Tabela 1 abaixo.
  2. O produto amplificado é purificado com ExoSAP-IT® para eliminar primers e dNTPs não incorporados.
  3. O sequenciamento em ciclos é finalizado em 90 minutos utilizando o kit de Sequenciamento BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit.
  4. Os fragmentos de sequenciamento são purificados com precipitação em etanol e desnaturados utilizando Hi-Di™.
  5. O produto desnaturado é detectado por eletroforese capilar em um analisador genético.
  6. Os resultados são gerados no analisador genético na forma de arquivos ab1: o software de sequenciamento uTYPE HLA é utilizado para comparar os dados com a base de dados IMGT/HLA para determinar a tipagem molecular.

Secore SBT Cobertura dos Exons para 25 e 500 testes

LocusCobertura dos ExonsAmplificações
ASequenciamento Bidirecional dos Exons 1, 2, 3, 4, 51
BSequenciamento Bidirecional dos Exons 1*, 2, 3, 4, 51
CSequenciamento Bidirecional dos Exons 1, 2, 3, 4, 5, 6, 71**
DRB1Sequenciamento Bidirecional dos Exons 2, 3; e Codon 862
DRB1, DRB3,4,5 Kit Grupo EspecíficoSequenciamento Bidirecional do Exon 2 e Codon 861
DQB1Sequenciamento Bidirecional dos Exons 2, 32
DPB1Sequenciamento Bidirecional dos Exons 2, 3, 4 e Codons 8 e 852
*SeCore B Locus contém primer unidirecional de sequenciamento para Exon 1 Forward (1F) apenas.
**Pode necessitar uma segunda reação de amplificação se todos os 14 primers bidirecionais de sequenciamento são utilizados.

Informações do Produto SeCore SBT

Descrição25 testes500 testes
SeCore Locus A530002522000D
SeCore Locus B5311025D22110D
SeCore Locus C532002522200D
SeCore Locus DRB1 (Exon 2 &3)A15571A15573
DRB1, DRB3,4,5 Kit Grupo Específico5331025A22300D
SeCore Locus DQB15341025D22410D
SeCore Locus DPB1535102522510D

SeCore GSSP (RUO)

Os kits SeCore Primers de Sequenciamento Grupo Específico (Group Specific Sequencing Primer – GSSP) têm como alvo um haplótipo, permitindo ao usuário resolver ambiguidades de fase cis/trans em pares de alelos ambíguos.

Pares de alelos com ambiguidade cis/trans surgem da tipagem padrão Sanger por sequenciamento de bases. O GSSP se liga a apenas um dos dois alelos presentes na amostra de DNA permitindo a determinação da tipagem HLA final.

DescriçãoRUO
SeCore GSSPA11255
¹Quando solicitar os kits SeCore GSSPs, fazer o pedido com o número de catálogo apropriado listado acima, e na seção de comentários do formulário de solicitação, listar o código Z correspondente ao GSSP solicitado. Para uma lista completa de códigos Z GSSP por favor consultar a tabela SeCore GSSP Reference Table em www.onelambda.com.

SeCore express SBT

Os kits Express são destinados para os laboratórios de HLA realizando ensaios com no mínimo 96 amostras por locus. Os kits estão disponíveis para os locus HLA A, B, C, DRB1 e DQB1.

Tempo² no fluxo de trabalho SeCore

PassoTempo na Bancada (Usuário)Tempo no EquipamentoTempo Total
Amplificação do DNA15 minutos90 minutos105 minutos
Purificação com ExoSAP-IT PCR5 minutos40 minutos45 minutos
Reação de Sequenciamento20 minutos60 minutos80 minutos
Purificação do Sequenciamento10 minutos40 minutos50 minutos
Eletroforese Capilar10 minutos10 minutos + ◊
Tempo Total60 minutos230 minutos + ◊290 minutos + ◊
(~4 horas e 50 minutos)
²Fluxo de trabalho padrão estimado baseado no tempo necessário para processor 96 amostras
◊ Um tempo adicional de 50 a 450 minutos deve ser adicionado para a Eletroforese Capilar “Tempo no equipamento” dependendo do modelo do Analisador ABI utilizado. Consultar Tabela 6 abaixo.

Tempo³ no equipamento para eletroforese capilar por instrumento

Descrição3130xl (16 capilares)3500XL DX (24 Capilares)3730 (96 Capilares)
Tempo para injeção~50 minutos~60 minutos~50 minutos
Número de injeções para 96 reações6 injeções4 injeções1 injeção
Tempo Total•300 minutos (5 horas)240 minutos (4 horas)50 minutos
3Eletroforese Capilar baseada no polímero POP-6™.

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